El protocolo anti piquete fue ampliamente cuestionado ante la Justicia, pues aún hay cuatro expedientes donde se cuestiona su constitucionalidad aunque ya cuenta con un antecedente por el que fue avalado.

Todos los planteos, incluido uno del dirigente social Raúl Castells, fueron presentados ante el fuero en lo Contencioso Administrativo Federal pero los distintos jueces se declararon incompetentes y lo giraron al de instrucción.

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Fue ante el Juzgado en lo Contencioso Administrativo Federal 1, el 3, y el 7, los cuales todos se declararon incompetentes y lo giraron al fueron de instrucción.

En la justicia de instrucción ya se cuenta con un antecedente de la Cámara del Crimen que rechazó un hábeas corpus de Adolfo Pérez Esquivel y otro del CELS y avaló el protocolo de Patricia Bullrich.

En ese fallo, los jueces consideraron que la medida del Ministerio de Seguridad no va más allá de lo estipulado en el Código Penal y por eso son figuras que finalmente van a determinar un juez si constituyen o no delito.