A comienzos de 1961, los gobiernos de la Argentina y Uruguay ultimaban los detalles del Tratado de Límites del Río Uruguay, un acuerdo jurídico internacional que fue firmado meses después y puso fin a las disputas sobre las aguas compartidas entre ambos países y la soberanía de más de un centenar de pequeñas islas.

Tuvieron que pasar muchos años desde entonces para que el Río Uruguay volviera a enfrentar a los gobiernos de los dos países, cuando a comienzos de la década de los 2000 la empresa finlandesa Botnia anunció la construcción de una planta de papel de celulosa en la margen oriental del curso de agua, cerca de los balnearios de la ciudad entrerriana de Gualeguaychú, lo cual desató un conflicto diplomático que se extendió por una década, a raíz de las denuncias de parte de la Argentina por presunta contaminación.

Volviendo en el tiempo, a comienzos de 1961 se habían conciliado las posiciones pretendidas por ambas naciones sobre el Río Uruguay: que el límite corra por la parte más profunda del río (postura preferida por Argentina) o por la línea media (defendida por Uruguay).

Décadas antes, en 1916, el gobierno de Uruguay había propuesto al de Argentina un convenio mediante el cual se estipulaba que se adoptaba la línea del thalweg o vaguada como apoyo para el límite jurisdiccional argentino-uruguayo en el Río Uruguay.

El tratado dejaba bajo soberanía uruguaya a 69 islas y bajo la argentina a 58, pero el acuerdo no logró la sanción legislativa en Uruguay, a causa de diferencias entre los partidos políticos del vecino país.

Como los derechos sobre la titularidad de las islas aún eran precarios, años después se produjeron conflictos locales por el uso de las mismas, por lo que los dos países pusieron en marcha negociaciones para zanjar la cuestión.

Ese proceso se coronó en el 7 de abril de 1961 en la ciudad de Montevideo cuando Diógenes Taboada y Homero Martínez Montero, cancilleres argentino y uruguayo respectivamente, firmaron el tratado.

De esta forma, se definió el límite internacional argentino- uruguayo sobre las aguas del Río Uruguay, el cual representa cerca del 30 por ciento de la longitud de dicho río.

El acuerdo decidió optar por un límite jurisdiccional de carácter mixto, mediante el cual se contemplaron las características del cuerpo acuático y a la vez que el mismo lograse satisfacer las máximas aspiraciones posibles de las dos naciones.

En todos los tramos se asignaron 86 islas a Uruguay y 58 a Argentina y posteriormente, tras una campaña de identificación de islas en 1969, se asignaron dos islas más a Uruguay.

La disputa por la soberanía de la isla Martín García (célebre por contar con una prisión en la que fue encarcelado Juan Domingo Perón en 1945) se concluyó definiéndola como un enclave argentino (forma parte de la provincia de Buenos Aires) en aguas de uso común para los dos países, pero rodeada del sector del Río de la Plata cuyo lecho y subsuelo fue adjudicado a Uruguay por el Tratado del Río de la Plata.

A la delimitación del río acordada se le dio un carácter permanente y definitivo, por lo cual no se vería alterada por cambios hidrológicos naturales que en el futuro pudiese sufrir algún tramo o sector del río.